Ως φυσικές λίμνες ορίζονται τα υδάτινα σώματα που έχουν δημιουργηθεί με φυσικές διεργασίες (π.χ. τεκτονικές, παγετώδεις και καρστικές λίμνες, καθώς και λίμνες που δημιουργούνται πιθανώς από πτώση μετεωριτών. Οι φυσικές λίμνες είναι μόνιμα κατακλυσμένες με νερό και είναι συνήθως μεγαλύτερες από 20 στρέμματα σε εμβαδόν. Σήμερα, ορισμένες φυσικές λίμνες είναι στην ουσία ημιφυσικές, είναι δηλαδή σε περιοχές όπου προϋπήρχαν φυσικές λίμνες ή υγρότοποι αλλά έχουν τροποποιηθεί από τον άνθρωπο ή έχουν αλλάξει μορφή λόγο αναχωμάτων ή μικρώνφραγμάτων. Οι φυσικές λίμνες στην Ελλάδα κατέχουν ένα τεράστιο πλούτο ενδημικών ειδών υδρόβιας ζωής, και σε αυτές τα αλλόχθονα είδη ψαριών μπορεί να έχουν σοβαρές οικολογικές και οικονομικές επιπτώσεις.